นีโม ปลาการ์ตูนน้อยอาศัยอยู่กับพ่อตามลำพัง เพราะแม่ของเขาตกเป็นเหยื่อของปลาดอกสากตั้งแต่นีโมยังเป็นไข่อยู่ มาร์ลินจึงวิตกกังวลมากว่าจะเกิดเหตุการณ์ร้ายๆขึ้นกับเขาและสิ่งนั้นก็เกิดขึ้นจริงๆเมื่อนีโมถูกนักดำน้ำคนหนึ่งจับไปเลี้ยงไว้ในตู้ปลา
การเดินทางผจญภัยฝ่าอันตรายในมหาสมุทรของมาร์ลินเพื่อตามหาลูกชายจึงเริ่มขึ้นและเมื่อเขาพบนีโมในที่สุดทั้งสองก็ค้นพบว่าถึงแม้พวกเขาจะเป็นเพียงปลาการ์ตูนตัวน้อยแต่ก็สามารถทำสิ่งที่ยิ่งใหญ่ได้