สิ่งมหัศจรรย์ที่ร่ำลือเกี่ยวกับสมเด็จพระพุฒาจารย์โตเกิดขึ้นเมื่อครั้งที่ท่านฝ่าทะเลบ้าไปงานสมโภชพระราชวังบนเขามไหศวรรย์ เมืองเพชรบุรี สมเด็จโตท่านไปด้วยเรือญวณ 4 แจวออกทางปากแม่น้ำบ้านแหลม ขณะที่ท้องทะเลเป็นบ้าเพราะคลื่นลมแรงมาก ชาวบ้านในอ่าวบ้านแหลมช่วยกันร้องห้ามว่า "ท่านเจ้าประคุณสมเด็จอย่าออกไปจะล่มตาย" ท่านตอบว่า "ไปจ้ะ ไปจ้ะ" แล้วท่านก็ออกมายืนหน้าเก๋งเรือเอาพัชนี้ (พัด) ใบตาลโบกแหวกลมหน้าเรือทั้งที่ในเวลานั้นลูกคลื่นโตกว่าเรือมากถึงขนาดบังเรือมิด แต่ทางหน้าเรือคลื่นกับไม่มี หลายคนที่ไปด้วยและได้เห็นสิ่งมหัศจรรย์เล่าว่าทั้งที่มีคลื่นลูกโตสองฟากเรือ แต่สมเด็จโตยืนนิ่งโบกพัดเอง คนเรือก็แจวเฉยเป็นปกติ ชาวเมืองเพชรจึงเกรงบารมีสมเด็จโตมากถึงกับยกมือท่วมหัวสรรเสริญ
กล่าวกันว่าการสวดมนต์หรือคาถามีจุดหมายก็เพื่อให้จิตเกิดบุญ มีความสุขอันเกิดจากความสงบและเราจะอาศัยอำนาจของจิตที่เป็นบุญดลบันดาลให้เกิดอานุภาพคุ้มครองป้องกันให้แคล้วคลาด ปราศจากดภัยอันตราย คุณานุภาพแห่งบทสวดหรือยอดคาถาจึงมีด้วยเหตุนี้ นอกจากนี้ยังมีเรื่องราวปาฏิหาริย์ของหลวงตามหาบัว หลวงพ่อหกนิ้ว พระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์ของชาวเพชรบุรี หลวงพ่อกลั่น ธมฺมโชติ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ฯลฯ สายทิพย์ ภาณุทัต อดีตเจ้าหน้าที่ของกรมศิลปากร รวบรวมมาให้ท่านได้สัมผัสเองแล้วใน "สมเด็จพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี และเรื่องลี้ลับแห่งอริยสงฆ์" เล่มนี้
- พลังแห่งศรัทธา "หลวงตามหาบัว" ปาฏิหาริย์สุดท้ายจาก "พระอรหันต์"
- "พระธาตุเสด็จ" ปากฏการณ์อันอัศจรรย์ ณ วันปันเสา
- ยอดอมตะเถระแห่งสยาม "สมเด็จพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี"
- หลวงพ่อกบ หลวงพ่อโอภาสี สองอริยเจ้าผู้เผากิเลส
- หลวงพ่อหกนิ้ว พระพุทธรูปมหัศจรรย์ และอาถรรพ์ท้องพระโรง "พระเจ้าเสือ"
- เรื่องเล่าอภิญญา "หลวงพ่อปาน" วัดบางนมโค
- ปาฏิหาริย์จากศรัทธาธรรม "ครูบาเจ้าบุญคุ้ม ปสันโน"
- "หลวงพ่อกลั่น" พระผู้สามารถสื่อสารภาษาจิตกับสัตว์
- เรื่องลี้ลับในแผ่นดินพระพุทธเจ้าหลวง
- "หลวงพ่อแดง" อริยสงฆ์วาจาศักดิ์สิทธิ์แห่งวัดบันไดอิฐ
- ปรากฏการณ์มหัศจรรย์ของหลวงพ่อสุจริต ถาวรสทฺโธ ผู้ค้นพบรอยพระพุทธบาท
- โอปปาติกะในวังเจ้า
- เรื่องเล่าชวนพิศวง ณ พระราชวังเดิม
- ปาฏิหาริย์ "หลวงพ่อสุด" วัดกาหลง