ต้นส้มแสนรักเป็นเรื่องราวของเด็กชายคนหนึ่งนามว่า "เซเซ่" ผู้มีจินตนาการเปี่ยมไปด้วยความฝันที่สวยงามเป็นเด็กฉลาด เกิดในครอบครัวที่ยากจน มีพี่น้องหลายคน ด้วยความที่เขาดื้อและซน ชอบก่อเรื่องไม่เว้นแต่ละวัน จึงทำให้เขาโดนทำโทษแรงๆ อยู่บ่อยครั้ง ทำให้เขาอดคิดไม่ได้ว่าไม่มีใครรรักเขา เพราะเขาเป็นส่วนเกินของครอบครัว เขาจึงสร้างโลกส่วนตัวของเขาขึ้นมาคือโลกแห่งความฝัน ที่ทำให้เขามีความสุขอยู่ตามประสาเขา เพราะเขาไม่ใช่คนที่มีเพื่อนมาก ทุกคนต่างคิดว่าเขาคือเด็กแสบที่สร้างความเดือดร้อนให้กับเพื่อบ้าน ซึ่งทุกคนต่างก็เอือมระอา
ต่อมาครอบครัวของเซเซ่ได้ย้ายบ้านใหม่ จึงได้พบกับต้นส้มต้นหนึ่งซึ่งพูดได้ทำให้เขาได้เพื่อใหม่ที่รู้ใจที่สามารถพูดคุยและเป็นเพื่อนเล่นกับเขาได้ยามที่ถูกกักบริเวณไม่ให้ออกไปข้างนอก ทุกเรื่องได้ทำให้เขามีความสุขมาก โลกแห่งจินตนาการเปี่ยมไปด้วยความสดใสแห่งชีวิตของวัยเด็ก แต่อีกไม่นานเมื่อเขาต้องรับรู้ว่าเพื่อนที่ดีที่สุดของเขาต้องจากเขาไปตลอดกาล โลกที่สดใดของเขาพลันมืดสลัวลง เขารู้สึกเจ็บปวดและเสียใจมากกับการจากลากในครั้งนี้...
เขาหยุดยืนตรงประตูและหันมาถามว่า..."ฉันเปิดประตูแง้มไว้นะ"...ผมพยักหน้ารับ เพราะเสียงแหบหายไปหมดแล้ว..."ฉันดับไฟด้วยก็แล้วกัน"..."เปิดทิ้งไว้อย่างนั้นก็ได้"...เขาโบกมือที่สวมถุงมือน้ำเงินให้ผม...นาฬิกาข้อมือเรือนนั้นกระทบกับแสงไปเป็นประกายวูบวาบ "ลาก่อนเซเซ่เพื่อนรัก"...แล้วเขาก็หายไปกับความมืดของทางเดิน...